Cikal bakal Ikatan Dokter Anak Indonesia (IDAI) dibentuk pada tanggal 14 Juni 1954, bertepatan dengan ulang tahun Dr. Sudjono D. Pusponegoro dan Prof. Sutedjo. Sebagai ketua IDAI pertama (1954-1968) adalah Prof.Dr. Sudjono D. Pusponegoro dengan anggota pengurus Prof. M.D. Hidayat, Dr. Sutedjo, Dr. Te Bek Siang, Dr. Ismangoen, Dr. Kwari Satjadibrata, Dr. Kho Ling Keng, dan Dr. Jo Kian Tjaij.

Ketua IDAI selanjutnya adalah :

• Prof. Sutedjo I (1968 - 1974),
• Prof. R.O. Odang (1974 - 1977),
• Dr. A.H. Markum (1978 - 1981),
• Dr. Sofyan Ismael (1981 - 1984),
• Dr.Sumarmo Poorwo Soedarmo (1984 - 1987),
• Prof.Dr. A.H. Markum (1987 - 1989),
• Dr, Asril Aminullah (1989 - 1990, karena Prof. A.H. Markum wafat 1989),
• Dr. M. Hardjono Abdoerrachman (1990 - 1993),
• Dr. Asril Aminullah (1993 - 1996),
• Dr. Noenoeng Rahajoe (1996 - 1999),
• Dr. Jose Rizal Latif Batubara (1999 - 2002),
• Dr. Hardiono D. Pusponegoro (2002 - 2005),
• Dr. Sukman Tulus Putra (2005 - 2008), dan
• Dr. Badriul Hegar (2008 - 2011).

IDAI adalah satu-satunya organisasi profesi Dokter Spesialis Anak Indonesia yang bernaung di bawah Ikatan Dokter Indonesia (IDI). Dalam bahasa Inggris IDAI disebut dengan Indonesian Pediatrics Society. IDAI berasaskan Pancasila, bertujuan ikut serta meningkatkan derajat kesehatan dan kesejahteraan anak, mengembangkan ilmu kesehatan anak, dan meningkatkan kesejahteraan anggota. Untuk mencapai tujuannya IDAI membantu pemerintah dalam membina dan meningkatkan mutu pelayanan kesehatan anak, berpartisipasi aktif dalam penelitian kesehatan anak dan kesejahteraan anak, memberikan pengarahan, pembinaan, dan melaksanakan pendidikan ilmu kesehatan anak, meningkatkan kemampuan profesi dokter spesialis anak, menjalin kerjasama dengan organisasi dokter spesialis anak regional dan internasional, organisasi kesehatan dan kesejahteraan anak lain, di samping mempersatukan, memperjuangkan dan memelihara kepentingan/ kedudukan dokter spesialis anak Indonesia. Masa bakti Pengurus Pusat IDAI adalah selama 3 tahun, dengan sekretariat berkedudukan di ibukota Republik Indonesia. Anggota IDAI berkewajiban menjunjung tinggi dan mengamalkan sumpah dokter dan Kode Etik Kedokteran Indonesia (KODEKI), Anggaran Dasar (AD) dan Anggaran Rumah Tangga (ART) IDAI, peraturan dan keputusan IDAI. Sampai KONIKA XIV tahun 2008 di Surabaya, Jawa Timur, jumlah anggota IDAI yang terdaftar resmi sebanyak 2305 orang.

Kongres Nasional Ilmu Kesehatan Anak
Kongres Nasional Ilmu Kesehatan Anak (KONIKA) adalah badan legislatif tertinggi di dalam organisasi IDAI, karena merupakan forum musyawarah utusan IDAI Cabang, Pengurus Pusat IDAI beserta semua jajarannya, dan Kolegium Ilmu Kesehatan Anak Indonesia (Kolegium IKAI). Sidang KONIKA terdiri dari sidang organisasi dan sidang ilmiah. KONIKA diadakan sekali dalam 3 tahun, tetapi dalam keadaan mendesak, KONIKA dapat diselenggarakan atas usul Pengurus Pusat IDAI, Pengurus Nasional Kolegium IKAI, atau salah satu IDAI Cabang dengan persetujuan dari sekurang-kurangnya duapertiga jumlah IDAI Cabang dan Pengurus Nasional Kolegium IKAI.

Sidang organisasi KONIKA dilakukan untuk menyempurnakan AD-ART dan Renstra, menilai pertanggungan jawab Pengurus Pusat IDAI dan Kolegium IKAI, memilih ketua umum Pengurus Pusat IDAI dan ketua Kolegium IKAI, menilai dan menetapkan IDAI Cabang baru, menetapkan keanggotaan, menentukan tempat KONIKA dan PIT berikut, menetapkan uang pangkal, iuran langganan Pediatrica Indonesiana, Sari Pediatri, dan ketentuan yang berhubungan dengan profesi, serta membahas dan merumuskan masalah ilmu kesehatan anak dengan memperhatikan Renstra.

KONIKA I diselenggarakan pada tanggal 12-15 April 1968 di Semarang, KONIKA II di Bandung (21-25 April 1971), sedangkan KONIKA III di Surabaya pada tanggal 1-6 Juli 1974. KONIKA IV dengan tema "Peningkatan pelayanan kesehatan anak dalam masyarakat" diselenggarakan di Yogyakarta (21-25 Mei 1978), KONIKA V diselenggarakan di Medan, dengan tema "Tumbuh kembang sempurna masa depan cemerlang" (14-18 Juni 1981), dan KONIKA VI di Denpasar (6-19 Juli 1984) dengan tema "Kesehatan anak masa kini menjamin kesejahteraan bangsa masa depan". KONIKA VII diselenggarakan di Jakarta (11-15 September 1987) dengan tema "Memantapkan kesehatan anak mempersiapkan era tinggal landas". KONIKA VIII di Ujung Padang (11-14 September 1990) dengan tema "Meningkatkan kualitas anak menunjang pembangunan bangsa". KONIKA IX di Semarang (13-16 Juni 1993) dengan tema "Memantapkan kualitas perlindungan anak menunjang pembangunan nasional jangka panjang II", KONIKA X di Bukittinggi (16-20 Juni 1996) dengan tema "Meningkatkan profesionalisme IDAI untuk mewujudkan sumber daya manusia yang berkualitas", sedangkan KONIKA XI diselenggarakan di Jakarta tanggal 4-7 Juli 1999 dengan tema "Mempersiapkan dan mengantar anak Indonesia memasuki abad 21". KONIKA XII diselenggarakan di Bali pada tanggal 30 Juni - 4 Juli 2002 dengan tema "Improving professionalism in health science and technology for implementation of the child right and protection in Indonesia", bersamaan dengan kongres 11th ASEAN Pediatric Federation Conference (APFC) dengan tema "Improving adolescent health for future human resources". KONIKA XIII diselenggarakan di Bandung, Jawa Barat pada tanggal 4-7 Juli 2005, dengan tema: Pendekatan ilmiah kesehatan anak dan pencegahannya dari ilmu dasar ke aplikasi klinis dan komunitas. KONIKA XIV diselenggarakan di Surabaya, Jawa Timur pada tanggal 5-9 Juli 2008, dengan tema: "Competence-based professionalisme in Pediatrics."

Pertemuan Ilmiah Tahunan Ilmu Kesehatan Anak
Pertemuan Ilmiah Tahunan Ilmu Kesehatan Anak (PIT IKA) dilaksanakan pertama kali di Palembang pada tanggal 25-27 Juni 2001. PIT IKA II diselenggarakan di Batam, Kepulauan Riau pada tanggal 12-14 Juli 2004, denagn tema: "Hot topic in pediatric". PIT IKA III diselenggarakan di Yogayakarta pada tanggal 5-9 Mei 2007 dengan tema: "Peningkatan penelitian oleh dokter spesialis anak dari molekuler hingga komunitas dengan memperhatikan bioetika" dan PIT IKA IV diselenggarakan di Medan pada tanggal 20 - 24 Februari 2010 dengan tema 'The role of pediatricians to achieve MDG's 2015'.

IDAI Cabang
IDAI Cabang dapat dibentuk di propinsi yang sedikitnya mempunyai sepuluh anggota tetapi pada setiap propinsi hanya boleh dibentuk satu IDAI Cabang. IDAI Cabang mulai dibentuk pada tahun 1971 di Jakarta, Jawa Tengah, dan Jawa Timur. Ketua IDAI Cabang Jakarta yang pertama adalah Dr. L.A. Tamaela. Ketua pertama IDAI Cabang Jawa Tengah adalah Dr. Moeljono S. Trastotenojo, dan IDAI Cabang Jawa Timur dengan ketua yang pertama Prof. Kwari Satjadibrata.

Di luar Jawa, IDAI Cabang yang pertama terbentuk adalah IDAI Cabang Sumatera (1972) yang berpusat di Medan, dengan ketua Dr. Sjarikat Tarigan. Selanjutnya pada tahun 1974 dibentuk IDAI Cabang Jawa Barat dan IDAI Cabang D.I. Yogyakarta. Sebagai Ketua IDAI Cabang Jawa Barat adalah Prof. Sugiri dan IDAI Cabang D.I. Yogyakarta diketuai oleh Dr. Ismangoen.

Untuk mempermudah koordinasi anggotanya, pada tahun 1978 IDAI Cabang Sumatera dipecah menjadi IDAI Cabang Sumatera Selatan dan Tengah (Sumselteng) serta IDAI Cabang Sumatera Utara. IDAI Cabang Sumselteng diketuai oleh Prof. Goepito, sedangkan IDAI Cabang Sumatera Utara tetap diketuai oleh Dr. Sjarikat Tarigan. Pada tahun 1979 dibentuk IDAI Cabang Sulawesi Selatan dengan ketua Dr. M. Farid, sedangkan IDAI Cabang Sulawesi Utara diresmikan pada tahun 1981 dengan ketua Dr. J.M. Wantania. Pada tahun 1984 IDAI Cabang Sumselteng dipisah menjadi IDAI Cabang Sumatera Selatan (termasuk Lampung dan Bengkulu) dan IDAI Cabang Sumatera Barat (termasuk Jambi dan Riau). IDAI Cabang Sumatera Selatan diketuai oleh Dr. Rusdi Ismail, sedangkan ketua IDAI Cabang Sumatera Barat adalah Dr. Sjamsir Daili. Pada tahun 1987. IDAI Cabang Bali dibentuk dengan memisahkan diri dari IDAI Cabang Jawa Timur yang diketuai oleh Dr. Sudaryat Suraatmadja. IDAI Cabang D.I. Aceh diresmikan pada KONIKA X (1996) di Bukittinggi, dengan ketua pertama Dr. Roestini Yusuf. Pada KONIKA XII di Bali, diresmikan juga 4 IDAI Cabang yang baru yaitu IDAI Cabang Riau dengan ketua Dr. Zaimi Zet, IDAI Cabang Lampung dengan ketua Dr. Ruskandi M., IDAI Cabang Banten dengan ketuanya Dr. Syartil Arfan NZ, dan IDAI Cabang Kalimantan Selatan dengan ketuanya Dr. Ari Yunanto. IDAI Cabang D.I. Aceh berganti nama menjadi IDAI Cabang Nangroe Aceh Darussalam.

Pada KONIKA XIII 2005 di Bandung, disahkan terbentuknya IDAI Cabang Kalimantan Timur dengan ketuanya Dr. Bambang Suasono. Pada saat KONIKA XIV 2008 di Surabaya, disahkan 3 IDAI cabang baru, yaitu IDAI Cabang Jambi dengan ketuanya Dr. Pandji Prijadi Budojo, IDAI Cabang Kepulauan Riau dengan ketuanya Dr. Indra Yanti, dan IDAI Cabang Kalimantan Barat dengan ketuanya Dr. Charles E Hutasoit. Pada KONIKA X 1996 di Bukittinggi, tercatat IDAI mempunyai 1008 orang anggota yang tersebar di 12 IDAI Cabang dengan masing-masing anggota yang terdaftar yaitu: IDAI Cabang D.I. Aceh 12 orang, IDAI Cabang Sumatera Utara 90 orang, IDAI Cabang Sumatara Barat 39 orang, IDAI Cabang Sumatera Selatan 37 orang, IDAI Cabang Jawa Barat 128 orang, IDAI Cabang DKI Jakarta 305 orang, IDAI Cabang Jawa Tengah 115 orang, IDAI Cabang D.I. Yogyakarta 36 orang, IDAI Cabang Jawa Timur 155 orang, IDAI Cabang Bali 26 orang, IDAI Cabang Sulawesi Selatan 40 orang, dan IDAI Cabang Sulawesi Utara 25 orang. Pada saat KONIKA XI 1999 di Jakarta, IDAI mempunyai 12 cabang dengan jumlah anggota yang tercatat sebanyak 1200 orang yang tersebar di IDAI Cabang D.I.Aceh 16 orang, IDAI Cabang Sumatera Utara 82 orang, IDAI Cabang Sumatera Barat 58 orang, IDAI Cabang Sumatera Selatan 58 orang, IDAI Cabang DKI Jakarta 369 orang, IDAI Cabang Jawa Barat 138 orang, IDAI Cabang Jawa Tengah 133 orang, IDAI Cabang D.I. Yogyakarta 40 orang, IDAI Cabang Jawa Timur 194 orang, IDAI Cabang Bali 48 orang, IDAI Cabang Sulawesi Utara 21 orang, dan IDAI Cabang Sulawesi Selatan 43 orang.

Pada saat KONIKA XII 2002 di Nusa Dua, Bali, IDAI mempunyai 16 cabang dengan jumlah anggota yang tercatat sebanyak 1388 orang yang tersebar di IDAI Cabang D.I. Aceh 22 orang, IDAI Cabang Sumatera Utara 88 orang, IDAI Cabang Sumatera Barat 56 orang, IDAI Cabang Sumatera Selatan 65 orang, IDAI Cabang DKI Jakarta 405 orang, IDAI Cabang Jawa Barat 183 orang, IDAI Cabang Jawa Tengah 168 orang, IDAI Cabang D.I. Yogyakarta 57 orang, IDAI Cabang Jawa Timur 216 orang, IDAI Cabang Bali 36 orang, IDAI Cabang Sulawesi Utara 30 orang, dan IDAI Cabang Sulawesi Selatan 62 orang. Pada saat KONIKA XIII 2005 di Bandung, Jawa Barat, IDAI mempunyai 17 cabang dengan jumlah anggota yang tercatat sebanyak 1711 orang yang tersebar di 17 IDAI Cabang, yaitu IDAI Cabang D.I. Aceh 12 orang, IDAI Cabang Sumatera Utara 101 orang, IDAI Cabang Sumatera Barat 36 orang, IDAI Cabang Sumatera Selatan 60 orang, IDAI Cabang DKI Jakarta 490 orang, IDAI Cabang Jawa Barat 201 orang, IDAI Cabang Jawa Tengah 160 orang, IDAI Cabang D.I. Yogyakarta 71 orang, IDAI Cabang Jawa Timur 229 orang, IDAI Cabang Bali 72 orang, IDAI Cabang Sulawesi Utara 42 orang, dan IDAI Cabang Sulawesi Selatan 72 orang, IDAI Cabang Riau 44 orang, IDAI Cabang Lampung 21 orang, IDAI Cabang Banten 20 orang, IDAI Cabang Kalimantan Selatan 34 orang, dan IDAI Cabang Kalimantan Timur 34 orang.

Pada saat KONIKA XIV 2008 di Surabaya, Jawa Timur, disahkan 3 IDAI cabang yang baru, sehingga pada KONIKA XIV 2008 di Surabaya, IDAI mempunyai 20 cabang dengan jumlah anggota yang tercatat sebanyak 2305 orang yang tersebar di 20 IDAI Cabang, yaitu IDAI Cabang D.I. Aceh 33 orang, IDAI Cabang Sumatera Utara 127 orang, IDAI Cabang Sumatera Barat 46 orang, IDAI Cabang Sumatera Selatan 89 orang, IDAI Cabang DKI Jakarta 620 orang, IDAI Cabang Jawa Barat 302 orang, IDAI Cabang Jawa Tengah 221 orang, IDAI Cabang D.I. Yogyakarta 102 orang, IDAI Cabang Jawa Timur 268 orang, IDAI Cabang Bali 102 orang, IDAI Cabang Sulawesi Utara 61 orang, IDAI Cabang Sulawesi Selatan 101 orang, IDAI Cabang Riau 44 orang, IDAI Cabang Lampung 25 orang, IDAI Cabang Banten 49 orang, IDAI Cabang Kalimantan Selatan 36 orang, IDAI Cabang Kalimantan Timur 36 orang, IDAI Cabang Kepulauan Riau 18 orang, IDAI Cabang Jambi 12 orang, dan IDAI Cabang Kalimantan Barat 13 orang.

Kolegium Ilmu Kesehatan Anak Indonesia
Kolegium Ilmu Kesehatan Anak Indonesia (Kolegium IKAI) adalah badan eksekutif IDAI yang bertugas untuk mengemban tujuan IDAI dalam bidang pendidikan. Cikal bakal Kolegium IKAI dimulai pada saat KONIKA III di Surabaya (1974) dengan nama Dewan Penilai Keahlian (DPK), diketuai oleh Prof. Kwari Satjadibrata (1974-1978) dan sekretaris Dr. IGN. Gde Ranuh. Dalam KONIKA IV 1978 di Yogyakarta, DPK berganti nama menjadi MPKK (Majelis Pembina dan Penilai Keahlian) dengan ketua Dr. IGN. Ranuh (1978 –1984). Pada tahun 1981 MPPK diubah menjadi MPPKKA (Majelis Pembina dan Penilai Keahlian Kesehatan Anak) dengan ketua pengurus harian Prof.DR. Iskandar Wahidiyat (1984-1990) dan sejak tahun 1990 MPPKKA diubah menjadi MPPDS (Majelis Pembina dan Penilai Dokter Spesialis) dengan ketua Prof. Sofyan Ismael (1993-1999). Nama dan organisasi MPPDS resmi diubah (ditransformasi) menjadi Kolegium IKAI pada KONIKA-XI, 1999 di Jakarta dengan ketuanya Prof. Dr. Asril Aminullah. Kolegium IKAI terdiri dari ketua Departemen/Bagian Ilmu Kesehatan Anak Fakultas Kedokteran Negeri, Ketua Program Studi Institusi Pendidikan Dokter Spesialis Anak (IPDSA), wakil guru besar, dan 4-5 orang dokter spesialis anak konsultan pakar pendidikan yang ditunjuk oleh Ketua Kolegium IKAI. Ketua Kolegium IKAI dikukuhkan oleh sidang organisasi Kongres Ilmu Kesehatan Anak. Pada tahun 2005 pada saat KONIKA XIII di Bandung, Dr. Arwin. A.P. Akib, Sp.A(K) terpilih sebagai ketua Kolegium IKAI periode 2005-2008. Pada tahun 2008 pada saat KONIKA XIV di Surabaya, Dr. Bambang Supriyatno, Sp.A(K) ditetapkan sebagai ketua Kolegium IKAI periode 2008-2011.

Kolegium IKAI berperan aktif dalam menyusun, menetapkan, menilai, dan menyempurnakan kurikulum, persyaratan dasar pengembangan pendidikan serta mengevaluasi pendidikan dokter spesialis I dan II Ilmu Kesehatan Anak (IKA) di tingkat nasional. Selain itu Kolegium IKAI memberikan rekomendasi kepada pemerintah agar IPDSA dapat diakui atas dasar penilaian Kolegium IKAI, menetapkan persyaratan penilaian keahlian melalui komite penguji nasional, pengakuan dan penerimaan lulusan pendidikan dokter spesialis I dan II Ilmu Kesehatan Anak, menilai program adaptasi dokter spesialis anak lulusan luar negeri, administrasi ijazah untuk didaftarkan pada Majelis Dokter Spesialis IDI serta menilai dan membina kemampuan serta pengamalan anggota IDAI dalam hal keahlian ilmu kesehatan anak.

Kurikulum pendidikan dokter spesialis anak pertama kali disusun dan diresmikan pada tahun 1976, kemudian disempurnakan pada tahun 1978 dan 1990. Hasil karya MPPDS antara lain buku panduan (petunjuk pelaksanaan kurikulum 1990), kriteria pengakuan dan jalur pengukuhan dokter spesialis anak dan dokter spesialis anak konsultan, evaluasi nasional, badan penguji nasional dan komisi penguji nasional, buku ajar dokter spesialis anak, prosedur baku pelayanan ilmu kesehatan anak, Institusi Pendidikan Dokter Spesialis Anak Konsultan, pendidikan kedokteran berkelanjutan, Buku 60 tahun Pendidikan Dokter Spesialis Anak Indonesia, dan pengembangan Pusat Unggulan.

Susunan Kolegium IKAI terdiri dari : (1) Sidang Pleno Kolegium IKAI, (2) Pengurus Nasional Kolegium IKAI, (3) Pengurus Harian Kolegium IKAI, (4) Komisi-komisi sebagai badan pelengkap Kolegium IKAI (Komisi Kurikulum, Komisi Evaluasi, Komisi Akreditasi, Komisi Pengembangan dan Pembinaan). Selain komisi, dapat juga dibentuk subkomisi sesuai dengan keperluan

Unit Kerja Koordinasi
Unit Kerja Koordinasi (UKK) adalah badan pelengkap IDAI untuk membina dan mengembangkan subspesialisasi ilmu kesehatan anak, memberikan saran dan petunjuk kepada Pengurus Pusat IDAI dalam kegiatan ilmiah sesuai bidangnya, serta berperan sebagai nara sumber dalam pertemuan ilmiah nasional, regional, maupun internasional. Sebelum ada UKK, beberapa cabang ilmu kesehatan anak membentuk pelbagai badan kerjasama, antara lain Badan Kerjasama Gastroenterologi Anak Indonesia (BKGAI), Badan Kerjasama Neonatologi Indonesia (BKNI), Badan Kerjasama Nefrologi Anak Indonesia (BKNAI), dan Badan Kerjasama Pulmonologi Anak Indonesia (BKPAI). Pimpinan dan para penasehat IDAI waktu itu mengkhawatirkan perkembangan tersebut justru akan melemahkan IDAI dan mengganggu jalannya pelbagai program IDAI.

Untuk itu pada KONIKA-IV 1978 di Yogyakarta disepakati agar setiap subdisiplin dalam ilmu kesehatan anak, membentuk wadah di dalam IDAI yang disebut sebagai Unit Kerja Koordinasi (UKK). Badan kerjasama kemudian dibubarkan dan diubah menjadi UKK, kecuali BKGAI yang bersifat multidisipliner. Keputusan ini terbukti sangat tepat, sehingga sampai sekarang ini perkembangan subdisiplin ilmu kesehatan anak tetap kukuh bersatu tidak terpecah belah.

Pada KONIKA-IV (Yogyakarta 1978) disahkan berdirinya UKK Gastroenterologi, UKK Neonatologi, UKK Pediatri Sosial, UKK Pulmonologi, dan UKK Nefrologi. Pada KONIKA V (Medan 1981) disahkan UKK Neurologi, UKK Hematologi, UKK Gizi, dan UKK Kardiologi. Pada KONIKA VI (Denpasar 1984) disahkan UKK Pediatri Gawat Darurat, UKK Infeksi dan Penyakit Tropis, sedangkan dalam KONIKA VII (Jakarta 1987) tidak ada pembentukan UKK baru. Pada KONIKA VIII (Ujungpandang 1990) disahkan berdirinya UKK Endokrinologi, UKK Pencitraan, dan UKK Alergi Imunologi.

Selama periode 1987 – 1990 kegiatan UKK difokuskan untuk penyempurnaan katalog Pendidikan Dokter Spesialis Anak 1978 dan pelaksanaan penelitian multisenter. Selain itu beberapa UKK telah pula membuat kurikulum dokter spesialis anak konsultan dan sekolah dokter spesialis anak konsultan yang dianggap sebagai jenjang tertinggi dalam profesi ilmu kesehatan Anak, yang mulai dikembangkan di dalam Rapat Kerja IDAI 1982 di Bukittinggi.

Sampai tahun 1997 Pengurus Pusat IDAI mempunyai 14 UKK yaitu: Gastrohepatologi, Neonatologi, Tumbuh Kembang-Pediatri Sosial, Pulmonologi, Nefrologi, Neurologi, Hematologi, Gizi, Kardiologi, Pediatri Gawat Darurat, Infeksi & Penyakit Tropis, Endokrinologi, Pencitraan, dan Alergi Imunologi. Pada Rapat Kerja IDAI tanggal 17-20 Oktober 20002 di Hotel Shangrila Jakarta, telah ditetapkan perubahan nama UKK Hematologi menjadi UKK Hematologi Onkologi dan UKK Gizi menjadi UKK Nutrisi dan Penyakit Metabolik. Pada KONIKA XIII 2005 Bandung, UKK Pulmonologi berganti nama menjadi UKK Respirologi. Sampai dengan KONIKA XIII 2005, IDAI mempunyai 14 UKK.

Satuan Tugas (Satgas)
Satgas mempunyai kegiatan diluar lingkup UKK yang melibatkan lebih dari 1 UKK

• Satgas Imunisasi
• Satgas HIV
• Satgas Farmasi Pediatrik
• Satgas Anemia Defisiensi Besi
• Satgas Bencana dan Keadaan Luar Biasa
• Satgas Penelitian dan Pengembangan Sumber Data Manusia
• Satgas ASI
• Satgas Perlindungan Anak
• Satgas Remaja